Il Museo della Navigazione Fluviale sorge ad est delle sponde del Canale Battaglia, in quello che è conosciuto come il borgo vecchio di Battaglia Terme.
Le prime notizie storiche sulle origini del borgo risalgono al XIII secolo, in coincidenza allo scavo del canale voluto dalla vicina Padova, per avere una via di accesso diretta e veloce ai Colli Euganei e a Monselice, favorendo così lo sviluppo economico e gli scambi con Venezia e l’intera Pianura Padana, nonché la trasformazione della vocazione economica dell’area da agricola ad industriale e commerciale.
Il passato di questo paese, il suo legame con l’acqua, si respira ancora lungo le vie del borgo vecchio, caratterizzate da schiere di casette colorate affacciate sulle sponde del Canale di Sotto, lungo le cui sponde è ancora possibile ammirare uno dei moli da cui partivano, un tempo, le imbarcazioni.
Il Quartiere Ortazzo è un esempio tanto classico quanto pittoresco di un insediamento di pescatori; risalendo la via, è possibile osservare la cascata che passa sotto gli archi della dismessa centrale elettrica, e accanto l’imponente edificio che un tempo era stato un importante mulino e dove era situato il porto di Battaglia.
Proseguendo in direzione della Strada Statale, si raggiungono le sponde del canale Battaglia, su cui si affaccia la Chiesa di San Giacomo, databile al 1748, ed è attraversato da un tipico ponte in stile veneziano, detto Ponte degli Scalini, che conduce verso la porta più moderna della cittadina.
Seguendo il canale in direzione nord, si incontra la cavana dove oggi sono ormeggiate varie imbarcazioni usate nella pratica sportiva della voga alla veneta. Accanto, per quanto un poco difficile da osservare, è situata la conca di navigazione di Battaglia Terme, un sistema idraulico che tramite paratoie viene utilizzato per regolare il livello delle acque dei canali, risultando tutt’oggi funzionante.